テレビ放映開始から10年を迎えた人気アニメ「名探偵コナン」の、シリーズ初となる3D作品。コナンと、宿命のライバル、怪盗キッドとの対決が、飛び出す映像となって、迫力のIMAX巨大スクリーンで繰り広げられる！

世間を騒がせる怪盗ながら、暗号を織り交ぜた予告状とキザなセリフ、 華麗な手口（ショー）で数々の名宝を盗み出し人気を博す“怪盗キッド”。 そんな神出鬼没の大怪盗が誕生したのは……。 江古田高校2年生、黒羽快斗。ある日、自宅にある隠し部屋を見つけ、 世界的マジシャンだった父・黒羽盗一が 実は世間をにぎわせていた〈怪盗キッド〉で、謎の組織に殺害されたことを知る。 真相を探るため、快斗は盗一が遺した衣装を身に纏い 2代目〈怪盗キッド〉となり、盗一が追っていた“伝説のビッグジュエル”と、 “謎の組織”の正体に迫っていく…。 巧妙な手口で数々の獲物を盗み出すキッドが新たに狙ったのは、伝説のアクアマリン“大海の奇跡（ブルー・ワンダー）”。 キッド獲得に執念を燃やす園子の親戚・鈴木財閥相談役鈴木次郎吉は、ビッグジュエルを使いキッドに挑戦状を送りつけたのだ！ 次郎吉の挑戦に乗ったキッドは次郎吉・警察の警備をものともせず、いつものように鮮やかに盗み出すはずだったが、 トリックを解き明かそうとコナンの名推理がはじまった！ 「コナンvs.怪盗キッド」「集められた名探偵！ 工藤新一vs.怪盗キッド」など、 月下の奇術師・怪盗キッド誕生と、最大にして永遠のライバル・コナン／新一との初対決を 新規映像とともに贈るTVシリーズ特別編集版！！

8月15日，夏，双宝町新建的“珠宝美术馆”收到了怪盗基德的预告函。基德预告将要偷走美术馆重要展品——价值数十亿日元的钻石“天狼星之泪”。毛利和中森警部开始监视情况。另一方面，柯南追缉一名可疑中年男子至废弃大楼楼顶，却被对方用钝器殴打、失去意识。距离预告时间只剩下10分钟了，柯南等人能够守住“天狼星之泪”吗？

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故事的再次相遇。

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。